Le FC Saint Éloi Lupopo est fondé en 1939 à Lubumbashi ex Elisabethville. Il a été créé par un cheminot de la société ferroviaire, Mr Van Den Brook alias Kawaya chef du service social, qui voulait chercher une distraction pour ses employés après les heures de travail.
Les premières années de l’existence de ce club furent caractérisées par des scores lourds qu’il infligeait à ses adversaires et par de longues séries d’invincibilité. D’où le terme Swahili Kupopola duquel dérivera le nom Lupopo.
Joueur le plus célèbre: Pierre Mwana Kasongo, qui a également joué pour Daring Faucons, a été le premier joueur africain à devenir le meilleur buteur de Belgique en jouant pour le CS Vervietois en 1962-63. Il a également joué pour ARA La Gantoise en Belgique. Mwana Kasongo a géré avec succès St Eloi Lupopo, TP Mazembe, Ruwenzori National, CS Makiso, AS Nika, US Bilombe et SM Sanga Balende, ainsi que les Léopards du Zaïre. Il a été le premier Congolais à être qualifié de Manager de l’Académie Française de Football en France. Il est décédé le 13 janvier 1986 alors qu’il dirigeait St Eloi Lupopo.
Lupopo compte dans son palmarès 6 championnats nationaux dont un avant l’indépendance à l’époque où le championnat regroupait les clubs du Congo-Ruanda-Urundi, et trois coupes du Congo. Lupopo a eu d’autres trophées sous l’appellation de championnat du Zaïre et remporta la première édition du Championnat actuel en 1958. Le dernier championnat national remporté par Lupopo remonte à 2002 et la dernière coupe du Congo à 2015. Lupopo a été le premier club à remporter le championnat du Congo en 1958 et aussi le premier à remporter la Linafoot en 1990.
Sur le plan continental le club est un habitué des joutes africaines et a atteint sa plus grande marche en 1982 éliminé en demi-finale de la Ligue des Champions Africaine par le club ghanéen d’Asante Kotoko, avant d’avoir éliminé Moura de Bangui en seizièmes, Dynamos du Zimbabwe en huitièmes et Real de Bamako en quart de finale. En 2002, Lupopo remporte en Afrique du Sud le challenge Vodacom en défiant sur place les deux clubs les plus populaires et les plus titrés d’Afrique du Sud, Orlando Pirates et Kaizer Chiefs.